Anne sütü faydaları, yakın zamana kadar anne sütüne sadece bebek için faydalı bir besin kaynağı olarak bakılmaktaydı. Bebekler anne sütünü direkt olarak annenin göğsünden aldığından, enfeksiyon yapıcı mikroorganizma olması riski az olur. Bebeklerin hazır sütle beslenmesi durumunda, sütün sağılması ve dağıtılması sırasında hastalıkların bulaşma oranı yükselir. Hatta bu konuda yapılan bazı araştırmalarda anne sütü dışında hazır mamalarla beslenen bebeklerde solunum yolu, idrar yolu, bağırsak ve kulak hastalıkları görülme oranının daha yüksek olduğu belirlenmiştir.

Bebeklerin yaşama adım attığı ilk dönemlerde hastalıklardan korunmalarının en önemli unsuru anne sütüdür. Henüz bağışıklık sistemi gelişmemiş olan bebeklerin mikroorganizmalara karşı tek silahı anne sütüdür. Anne karnında başlayan yaşam, doğumdan sonra da bebeklerin korunmasını sağlayacak sistemlerle donatılmıştır. Anne yaşamında geçirmiş olduğu hastalıklara karşı ürettiği savunma antikorlarını plasenta ile bebeğe geçirir. Doğumdan sonra bunu anne sütüyle bebeğine aktarır. Mikropları algılayan hafıza hücreleri anne sütüyle bebeğe geçmekte ve bebekteki bağışıklık sisteminin işlevini yapmasına yardımcı olmaktadır. Bebeğin bağırsaklarına geçen bağışıklık hücreleri, buradan lenf sistemine geçer. Daha önceden bağırsakları bakterilerin üremesine engel olacak bir ortama dönüştürür.

Anne sütünde olan antikorlar, IgA, IgG, IgD, IgM ve IgE olmak üzere beş grup halindedir. IgA antikorları en fazla bulunanıdır. Bu antikorlar erişkinlerin solunum ve sindirim sisteminde de olur. Bunlar 2 ya da daha fazla molekülden oluşur. IgA molekülleri secretary component adı verilen salgı faktörüyle birlikte olarak, sindirim enzimleri tarafından parçalanamazlar. Bebeğin immün sistemi doğumdan sonra aktif olmadığı için, enfeksiyon olması halinde IgA salgılaması azalır. Bu açıdan özellikle biberonla beslenen bebeklerde daha fazla hastalık riski olur. Anne sütü alan bebeklerde IgA daha fazla alındığından, bu bebekler hastalıklara karşı dirençli olur, bağırsaklarındaki yararlı bakterilerde artar. Anne sütü aynı zamanda yararlı bakterilerin çoğalmasını teşvik eder ve zararlı bakterilerin azalmasına neden olur. IgA salgısı aynı zamanda gözlerdeki epitel dokunun enfeksiyonlardan korunmasını sağlar. Çoğumuz toplumda anne sütünün gözlerdeki enfeksiyonlarda göze damlatıldığını bilir. Bu şekilde gözlerdeki enfeksiyonu tedavi eder. Bunun tıbbi açıklaması henüz olmasa da sonuçları oldukça başarılıdır.

Anne sütünün mücin adı verilen içeriğinde protein taşıyan, karbonhidrat taşıyan moleküller vardır. Ayrıca serbest demiri bağlayan laktoferrin adı verilen proteinle B12 vitaminini bağlayıcı özelliği olan bir protein anne sütünde bulunur. Bunun etkisiyle bakteriler ortamda demir ve B12 vitamini bulamaz ve beslenemez. Böylece bebeklerin hastalıklardan korunması sağlanır. Sütün içeriğindeki serbest yağ asitleri virüslerin kılıfına zarar vermektedir. Doğumun ardından gelen ve kolostrum adı verilen sütte, güçlü bir antiviral etkiye sahiptir. İçeriğinde fibronectin adlı bir protein vardır. Bu enfeksiyon riskini azaltmaktadır.